Universitas Islam Negeri Maulana Malik Ibrahim Malang berdiri berdasarkan Surat Keputusan Presiden RI Nomor 50 Tahun 2004 tentang Perubahan Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) Malang menjadi Universitas Islam Negeri Malang yang terbit pada tanggal 21 Juni 2004. Berdasarkan Surat Keputusan Menteri Agama Nomor 69 Tahun 2009 UIN Malang berubah menjadi Universitas Islam Negeri Maulana Malik Ibrahim Malang. Sebagaimana termaktub dalam Surat Keputusan Presiden tersebut, UIN Malang menjadi lembaga yang menyelenggarakan pendidikan dalam rangka pengembangan keilmuan secara terintegrasi baik ilmu agama maupun ilmu umum.

Amanat kelembagaan tersebut kemudian dikristalisasi dalam visi besar UIN Maulana Malik Ibrahim Malang yaitu “menjadi universitas Islam terkemuka dalam penyelenggaraaan pendidikan dan pengajaran, penelitian, dan pengabdian kepada masyarakat untuk menghasilkan lulusan yang memiliki kedalaman spiritual, keagungan akhlak, keluasan ilmu, dan kematangan professional, dan menjadi pusat pengembangan ilmu pengetahuan, teknologi, dan seni yang bernafaskan Islam serta menjadi penggerak kemajuan masyarakat”.

Dalam rangka mewujudkan visi besarnya tersebut, UIN Maulana Malik Ibrahim telah menetapkan Rencana Strategis Pengembangan Universitas 25 Ke Depan (2005-2030). Terdapat tiga tahapan pengembangan Universitas, yaitu: Tahap Academic and Institusional Establishment (2005-2010), Tahap Regional Recognition and Reputation (2011-2020), dan Tahap International Recognition and Reputation (2021-2030). Rencana Strategis ini pada hakikatnya merupakan kelanjutan dari Rencana Strategis Pengembangan STAIN Malang 10 Tahun Ke Depan yang telah berhasil mengantarkan kampus ini berstatus menjadi Universitas.

Seiring dengan terbitnya Peraturan Pemerintah Nomor 23 Tahun 2005 dan telah diubah dengan Peraturan Pemerintah Nomor 74 Tahun 2012 tentang Pola Pengelolaan Keuangan Badan layanan Umum.  Berdasarkan peraturan pemerintah tersebut, UIN Maulana Malik Ibrahim Malang mengubah sistem manajemennya dengan mandat sebagai Satuan Kerja Badan Layanan Umum (BLU), melalui Keputusan Menteri Keuangan Nomor 68/KMK.05/2008 tanggal 31 Maret 2008, tentang Penetapan Universitas Islam Negeri Malang Pada Departemen Agama sebagai Instansi Pemerintah yang menerapkan PK-BLU, dengan Status Badan Layanan Umum secara Penuh.

Sebagai lembaga dengan mandat PK-BLU, UIN Maulana Malik Ibrahim Malang harus memiliki Satuan Pengawas Internal sebagaimana di amanatkan dalam peraturan pemerintah tersebut di atas. Oleh karena itu, keberadaan Satuan Pengawasan Internal (SPI) menjadi hal yang penting dan mendasar. Keberadaan SPI UIN Maulana Malik Ibrahim Malang mengalami perjalanan yang cukup panjang. Pada tahun 2012, sesungguhnya SPI sudah dibentuk, tetapi belum memberikan kontribusi yang maksimal. Hal ini disebabkan belum adanya payung hukum tentang SPI itu sendiri, selain itu pejabat SPI mengalami rotasi. Sehingga keberadaan SPI tahun 2012 – 2014 mengalami kevakuman.

Terbitnya Surat Keputusan Rektor Nomor Un.3/KP.01.4/046/2015 tentang Pengangkatan Personel Satuan Pemeriksa Internal (SPI) Universitas Islam Negeri Maulana Malik Ibrahim Malang tertanggal 5 Januari 2015, merupakan   merevitalisasi peran dan fungsi SPI, dengan Ketua Dr. H. Zainal Habib, M.Hum. dan Sekretaris dijabat Meldona, SE., MM dan alasan rotasi, kemudian Sekretaris dijabat oleh Akhmad Muhlis, M.A.  Pada masa inilah kelembagaan SPI mulai direvitalisasi. Pada saat ini SPI memiliki beberapa bidang yaitu bidang sumberdaya manusia, bidang audit keuangan, dan bidang Pengadaan Barang dan Jasa Pemerintah, Barang Milik Negara, dan pemanfaatan teknologi informasi dan komunikasi. Pada fase revitalisasi ini telah dibuat profil SPI dalam bentuk online (website: www.spi.uin-malang.ac.id).  Pada fase revitalisasi ini, SPI telah menjalankan tugas dalam rangka implementasi sistem remunerasi di Universitas seiring dengan terbitnya Keputusan Menteri Keuangan Nomor: 52/KMK.05/2017 tentang Penetapan Remunerasi bagi Pejabat Pengelola, Dewan Pengawas, dan Pegawai Badan Layanan Umum UIN Maulana Malik Ibrahim Malang.

Pada tahun 2017 terjadi suksesi kepemimpinan SPI.  Berdasarkan Surat Keputusan Rektor Nomor: Un.3/HK.00.5/4129/2017 tanggal 29 Agustus 2017 Ketua SPI dijabat Dr. H. Muhammad In’am Esha, M.Ag. dan Sekretaris dijabat oleh H. Slamet, SE., MM., Ph.D. Fase ini bisa dikatakan sebagai fase pemantapan dan penguatan kelembagaan SPI (Institutional Establishment and Reinforcement) seiring dengan terbitnya Peraturan Menteri Agama Nomor 25 Tahun 2017 tentang Satuan Pengawasan Internal pada Perguruan Tinggi Keagamaan Negeri. Ditambah lagi dengan terbitnya  Peraturan Menteri Agama Nomor 15 Tahun 2017 tentang Statuta Universitas Islam Negeri Maulana Malik Ibrahim Malang dan Peraturan Menteri Keuangan Republik Indonesia Nomor 200/PMK.05/2017 tentang Sistem Pengendalian Intern pada Badan Layanan Umum.

Dengan legalitas yang kuat tersebut, SPI diharapkan dapat memberikan kontribusi besar dalam mewujudkan good university governance non akademik di lingkungan Universitas Islam Negeri Maulana Malik Ibrahim Malang.