Dalam rangka pelaksanaan pemeriksaan atau audit sebagai dasar pelaksanaan pengawasan dan pendampingan, auditor senantiasa mengacu pada ketentuan perilaku atau etika dalam pelaksanaan pemeriksaan yang baik sejalan dengan peraturan perundang-undangan yang berlaku. Beberapa prinsip dasar yang harus dijadikan panduan selama pelaksanaan tugas, yaitu:
- Pejabat dan anggota SPI harus mengedepankan sikap jujur, integritas, komitmen, profesional, bijaksana, dan tanggungjawab;
- Pejabat dan anggota SPI harus menjaga rahasia hasil pemeriksaan;
- Pejabat dan anggota SPI tidak boleh menjustifikasi hasil pemeriksaan secara pribadi di depan auditi;
- Pejabat dan anggota SPI dalam hal mengambil keputusan hasil pemeriksaan dan penyusunan rancangan program pendampingan berdasarkan kolektif dan kolegial;
- Pejabat dan anggota SPI dalam hal menjalankan tugas berpedoman pada peraturan, norma, dan prosedur yang berlaku;
- Pejabat dan anggota SPI berusaha untuk tidak melibatkan diri dalam kegiatan yang dapat menimbulkan konflik kepentingan;
- Pejabat dan anggota SPI, jika mendapatkan tugas di luar tugas dan fungsi SPI wajib menanggalkan identitas dan atributnya;
- Pejabat dan anggota SPI, dalam hal menjalan tugas dan fungsi SPI harus mengedepankan prinsip independensi; dan
- Pejabat dan anggota SPI dalam hal menjalankan pengawasan dan pendampingan mengedepankan aspek-aspek humanis.